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A. 包涵體純化蛋白復性案例分析——鍾鼎生物
使用IPTG誘導表達目的宴笑蛋白a。優化表達條件,將誘導條件調整至37℃,經分析目標蛋白主要呈包涵體形式。因此通過變復性的方式,重溶目標蛋白a,通過Ni柱親和純化獲得目的蛋白。
蛋白表達鑒定結果分析
IPTG誘導蛋白表達 ,經12% SDS-PAGE分析,目標蛋白主要存在於沉澱中,結果如圖所示
圖1 蛋白表達鑒定SDS-PAGE分析
Fig.1 SDS-PAGE analysis of expression
M: 蛋白質分子質量標准
1: 未誘導
2: 誘導後
3: 誘導破碎後上清
4: 誘導破碎後沉澱
包涵體蛋白的變復性
1. 將菌體沉澱重懸於20 ml 裂解液 (20 mM Tris-HCl containing 1 mM PMSF and bacteria protease inhibitor cocktail, pH 8.0),超聲破碎(功率晌卜含400 W,工作4sec,間歇8sec,共20min);
2. 將超聲破碎的細胞裂解液4℃ 10000 g離心20 min,收集沉澱;
3. 使用包涵體洗滌液(20mM Tris,1mM EDTA,2M尿素,1M NaCl,1%Triton X-100,pH8.0)洗滌包涵體3次;
4. 用溶解緩沖液(20mM Tris,5mM DTT,8M尿素 pH8.0),按一定比例溶解包涵體,4℃放置過夜;室溫,15000 rpm離心15min;
5. 將上述溶液滴加20 mM Tris-HCl ,100 mM NaCl ,pH8.0緩沖液中,逐步成倍梯度稀釋緩慢攪拌,將蛋白溶液裝入透析袋於20 mM Tris-HCl,100 mM NaCl,pH8.0溶液中透析過夜。
包涵體融合蛋白的Ni柱親和純化及結果分析
包涵體蛋白Ni柱純化
1. 利用低壓層析系統,包涵體溶液以0.5 ml/min流速上樣至Ni-IDA Binding-Buffer預平衡的Ni-IDA -Sepharose CL-6B親和層析柱;
2. 用Ni-IDA Binding-Buffer以0.5 ml/min流速沖洗,至流出液OD280值到達基線;
3. 用Ni-IDA Washing-Buffer(20 mM Tris-HCl,20 mM咪唑,0.15 M NaCl,pH8.0) 以1 ml/min流速沖洗,至流出液OD280值到達基線;
4. 用Ni-IDA Elution-Buffer(20 mM Tris-HCl,250 mM咪唑,0.15 M NaCl,pH8.0) 以1 ml/min流速洗脫目的蛋白,收集流出液;
5.上述收集的蛋白溶液加入透析袋中,使用20 mM Tris-HCl,0.15 M NaCl,pH8.0進行透析過夜;
6. 進行12% SDS-PAGE分析, 結果如Fig.2所示。
純化結果分析
包涵體經過變復性的方式,重溶目標蛋白,通過Ni柱親和純化獲得目標蛋白,進行12% SDS-PAGE分析。
圖2 蛋白純化SDS-PAGE分析
Fig.2 SDS-PAGE analysis of fusion protein purification
M: 蛋白質分子質量標准
1: 破碎後處理樣品
2: 流出
3: 洗脫
Western Blot方法檢測包涵體復性
(1) 取樣品上樣5 μl
(弊粗2)上樣完畢後,聚丙烯醯胺凝膠先90 V跑完積層膠,再將電壓升至200 V直到電泳結束。
(3)電泳結束後,取下凝膠進行轉膜,恆壓100 V轉膜,約為1.5h,恆流250 mA
(4)電轉結束後,取下膜後先用PBST洗滌4次,每次5min。
(5)將膜置於5%脫脂奶粉封閉液中封閉37℃ 1h。
(6)用封閉液稀釋一抗,膜在一抗稀釋液中4℃過夜。
(7)次日將膜取出後用PBST 洗膜4次,每次5 min,
(8)用含5%牛奶的封閉液稀釋二抗。膜在二抗中37℃反應1h。
(9)反應完畢後,把膜取出後置於干凈的盒子中洗膜4次,每次5 min。
(10) ECL顯影,曝光。
Western Blot結果分析
一抗以及二抗稀釋比例:
編號抗體名稱稀釋比例二抗名稱稀釋比例
1His1:1000羊抗兔1:5000
圖3 蛋白Western Blot鑒定分析
Fig.3 Western Blot analysis of fusion protein purification
M: 蛋白質分子質量標准
1: 純化後樣品
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B. 南京鍾鼎生物科技倒閉了嗎
沒有。
根據企查查查詢可知,南京鍾鼎生物科技截止2023年4月14日還在正常運行中,並沒有倒閉。
南京鍾鼎生物科技成立於2011年2月17日,公司主要經營范圍包括生物技術及相關產品的研發、銷售、技術咨詢、技術服務等。
C. RT-PCR實驗案例解析—鍾鼎生物
鍾鼎生物技術公司基於與客戶合作的實際案例,介紹了RT-PCR的實驗流程,包括RT-PCR實驗所需試劑耗材、RNA提取、RNA反轉錄為cDNA。
實驗摘要
使用TRIzol提取樣品總RNA,反轉錄獲得cDNA,供下游實驗使用。
1.試劑與耗材
試劑與耗材
Prime Script II 1st Strand cDNA Synthesis Kit,寶生物工程(大連)有限公司,6210B;總RNA提取試劑TRIzol,南京鍾鼎生物技術有限公司,RK01-100;
DL2000 DNA Plus Marker(100、250、500、750、1000、1500、2000 bp),南京諾唯贊生物技術有限公司,MD101。GelStain,北京全式金生物技術有限公司,GS101-01;
DEPC,Sigma公司,D5758-25ML;Agarose,西班牙Biowest,91622;
離心管,美國Axygen,311-01-051;槍頭,美國Axygen;
其它試劑均為國產分析純。
2.主要實驗儀器
主要實驗儀器
超微量紫外分光光度計:NanoDrop2000,Thermo公司;台式高速冷凍離心機,美國BECKMAN公司,Allegra 21R;
電子天平,美國AHOMS公司,AR5120;紫外透射儀,美國Amersham Pharmacia公司,Hofer MV-25;
電泳儀:TY2795型,BIO-RAD公司;電泳槽:Sub-Cell GT Cell,BIO-RAD公司;
凝膠成像分析系統:GelDocXR型,BIO-RAD公司;雪花狀製冰機,日本SANYO公司,SIM-F140AY65;
移液器,德國Eppendorf公司。
3.實驗方法及結果
3.1.RNA提取
(1)組織勻漿:向樣品中加入1 ml TRIzol試劑(組織塊體積不要超過TRIzol體積的10%),用移液器反復吹打。
(2)將上述勻漿液室溫放置5 min,待核酸和蛋白充分解離。每1 ml TRIzol試劑用量的勻漿液中加入0.2 ml氯仿,蓋緊管蓋,手動劇烈震搖15 s,然後室溫靜置2~3 min。
(3)4℃ 10,000 g,離心10 min。
(4)小心吸取上層水相(無色)加入到新試管中,同時計算所吸取的水相體積。
(5)加入所吸取水相等體積預冷的異丙醇,蓋緊管蓋,輕輕搖勻。
(6)室溫靜置10 min,待RNA充分沉澱。
(7)4℃ 10,000 g離心10 min。
(8)將上清棄除(注意別丟棄沉澱),每管加入1 ml 75%乙醇潤洗,蓋緊管蓋,輕輕晃動離心管,以去除殘留的異丙醇和鹽份。4℃ 7,500 g離心5 min。
(9)將上清棄除,打開管蓋,將RNA 沉澱乾燥(室溫揮發或真空乾燥)。注意RNA沉澱不可完全乾燥,否則難以溶解。
(10)將RNA沉澱溶解於適量的無RNase水中。
3.2.RNA瓊脂糖凝膠電泳分析
提取好的RNA進行瓊脂糖凝膠電泳,電泳圖如下所示:
3.3.RNA濃度及純度測定
3.4.RNA反轉錄為cDNA
3.4.1.基因組DNA去除
採用鍾鼎公司的DNase I,在RNase free的離心管中配製如下混合液:
3.4.2.反轉錄反應
在PCR管中配製下列反應混合液:
65℃反應5 min,冰浴冷卻。
在第一步的反應管中配製下列反轉錄反應液:
反轉錄反應條件的設置:30℃ 10 min,42℃ 30 min,95℃ 5 min。冰浴冷卻。產物至於-20℃冰箱保存。
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